Chùa Chuông có kết cấu kiểu "Nội công ngoại quốc", bao gồm các hạng mục: Tiền đường, Thượng điện, Nhà tổ, Nhà mẫu và 2 dãy hành lang. Mặt tiền chùa quay hướng Nam, đó là hướng của "Bát Nhã" và "Trí Tuệ". Chùa được bố trí cân xứng trên một trục trải dài từ cổng Tam quan đến Nhà tổ. Qua cổng Tam quan là tới ba nhịp cầu đá xanh, bắc ngang qua ao (mắt rồng), cây cầu được xây dựng năm 1702. Tiếp đến là con đường độc đạo được lát đá xanh dẫn thẳng đến nhà tiền đường, theo quan niệm nhà Phật là con đường chân chính dẫn dắt con người thoát khỏi bể khổ.

Tiền đường

Nhà Tiền đường có quy mô năm gian hai chái, kết cấu kiến trúc kiểu con chồng đấu sen. Nối giữa tiền đường và Thượng điện là khoảng sân, giữa sân có cây hương đá còn gọi là "Thạch trụ", bốn mặt khắc chữ Hán ghi công đức của nhân dân đóng góp tu sửa chùa.

Thượng điện

Thượng điện cũng gồm năm gian hai chái, kết cấu giống nhà Tiền đường, mang đậm nét kiến trúc thời Hậu Lê. Hệ thống tượng ở thượng điện được bài trí theo thứ tự: trên cùng là 3 pho Tam Thế; tiếp đến là A-di-đà và tứ Bồ-tát; lớp dưới là Văn Thù và Phổ Hiền; tiếp theo là Ngọc Hoàng và Nam Tào, Bắc Đẩu; tiếp nữa là Địa Tạng Vương và Phạm Thiên, Đế Thích; sau cùng là tòa Cửu Long và tượng Thích Ca sơ sinh.

Nhà Mẫu

Ở hai đầu phía Đông và phía Tây nối nhà Tiền đường và nhà Mẫu là hai dãy hành lang, kiến trúc kiểu kèo cầu quá giang đơn giản. Hai dãy hành lang được bài trí đối xứng các lớp tượng khác nhau. Đầu tiên là động "Thập điện Diêm Vương", diễn tả cảnh nhục hình mà con người phải trải qua nơi âm giới. Đây là triết lý nhân quả của nhà Phật, người ta tin rằng con người sống trên dương thế, khi từ giã cõi đời phải trải qua 10 cửa điện để Diêm Vương xét hỏi công và tội. Ứng với mỗi tội đồ là một hình phạt tương ứng.Tiếp đến là tượng Bát Bộ Kim Cương, sau đó là 18 pho "Thập Bát La Hán", 18 vị được tạo tác trong tư thế ngồi rất sinh động, rất đời thường. Nét độc đáo của tượng "Thập Bát La Hán" không phải chỉ ở sự khéo léo trong cách tạo tác mà còn ở cảm xúc nội tâm được biểu hiện qua từng khuôn mặt buồn, vui, trầm tư... mỗi người một vẻ. Cuối dãy hành lang là tượng Đức Ông đứng cạnh có Già Lam - Chân Tể và tượng Đức Thánh Hiền, đứng cạnh có Diệm Nhiên - Đại Sĩ.